Почему - не понятно, скорее всего, теперь смотрится стаж только на текущем предприятии, но это - мои догадки. Как поправить - попробовать внести в карточки сотрудников полную информацию о трудовом стаже. В крайнем случае, пока не найдена причина - править процент при расчете вручную...
