Если никаких сообщений при проведении документа "Выплата заработной платы" не наблюдается, то есть подозрение, что константа "Проводки по кассе только кассовыми ордерами" не выставлена в "Нет". А должна, если Вы проводите выдачу ЗП не кассовыми ордерами.