Зато переиндексировали файлы и сжали от всякого мусора. Дальше смотреть в работе надо.
Еще выгрузка/загрузка средствами конфигуратора может помочь.
Ну и еще причиной такого поведения может даже фрагментация раздела, на котором находится база, являться, несмотря на, возможно, сверх реактивный RAID.