Насколько мне известно, но могу и ошибаться, эта информация в Бухучете вшита программно...
Если Вы вручную создавали новый вид расчета больничных за счет ФСС (так как, насколько мне известно, в Бухучете такого механизма нет в принципе, т.к. зарплатный модуль не реализован), то отражение расчета больничных в регламентированном учете (Вам известен этот справочник) за счет ФСС и так должно идти по отдельной проводке (Дт 378 Кт 661)...
Насколько я понял, Вы настроили, чтобы ЕСВ с больничных за счет ФСС тоже шел по какой-то Вами сформированной схеме.
Так вот к чему я веду, как вариант достаточно было
скопировать типовой расчет ЕСВ и просто его переименовать, ничего при этом другого не изменяя, и
вставить его в Вашу схему... По идее, должно было сработать...
Пробуйте